Плоды этих культур на семена убирают в фазе биологической спелости. Для этой цели на наиболее высокоурожайных растениях оставляют по 2 — 3 плода. В каждом плоде перца обычно формируется 120 — 150 семян.
Их выделяют вручную, вырезая ножом мякоть около плодоножки. В плодах баклажанов формируется от 2 до 4 тыс. семян.
Лучшие физические качества у семян плодов, сформированных на ветвях первых трех порядков. Использование плодов, сформировавшихся позднее, приводит к снижению энергии прорастания, всхожести и уменьшению урожая на 7 — 20%.
На семенных баклажанах все плоды, образующиеся после первой декады августа, убираются на продовольственные цели, а на растениях оставляется по 2 — 3 семенника. Сбор семенников проводится в конце сентября — начале октября.
При дозаривании, плодов перцев и баклажанов всхожесть и энергия прорастания семян возрастают. Однако в процессе хранения они быстрее снижают свои посевные кондиции, чем семена из вызревших на растении плодов. Поэтому лучше использовать нормально вызревшие плоды.
Всхожесть семян перцев и баклажанов снижает низкая температура, воздействующая на семенные плоды и сырые семена. Особенно чувствительны семена из недозрелых плодов. Но при этом значительная часть семян не теряет всхожести, а переходит в состояние покоя. Вот почему последующее прогревание в течение 3 — 5 дней их всхожесть повышает.